В 1958 г. окончил МГУ по специальности «геологическая съемка и поиски полезных ископаемых». После аспирантуры защитил кандидатскую диссертацию, которая была посвящена покровной структуре Северо-Западного Кавказа (1964 г.).
С 1965 по 1987 г. работал в ИГиГ СО АН СССР младшим, затем старшим научным сотрудником, заведующим лабораторией, главным научным сотрудником. Одновременно преподавал курс тектоники в Новосибирском госуниверситете. Главное направление научной деятельности Ч.Б.Борукаева в этот период — тектоника докембрийских образований. Он активно участвовал в составлении первой в мире «Карты тектоники докембрия континентов» и многотомной серии «Докембрий континентов». Им разрабатывались принципы расчленения докембрийских толщ и типизации докембрийских структур, решались проблемы общей геохронологической шкалы докембрия и вопросы тектонической терминологии. Развитием этих работ стали защищенная в 1983 г. докторская диссертация «Типы и эволюция докембрийских структур» и опубликованная по ее материалам монография (1985 г.). В них впервые в мировой литературе дана интерпретация раннедокембрийских комплексов с позиций мобилизма. Он первый в мировой науке показал, что механизм движения плит проявился с архея.
В 1987 г. Ч.Б.Борукаев был избран членом-корреспондентом АН СССР по специализации «тектоника» и с 1988 г. по 1992 г. работал директором ИГиГ ДВО РАН. В этот период он наряду с административными и научно-организационными обязанностями, среди которых одной из главных было руководство объединенным научным советом по геолого-геофизическим наукам, продолжал уделять большое внимание проблемам геологии переходной зоны от Алданского континента к Тихому океану, мезозойской тектоники Дальнего Востока. Результатом этих исследований стали статьи, в которых изложены возможные решения кардинальных геологических проблем Тихоокеанского и Монголо-Охотского поясов, Сихотэ-Алинской складчатой системы.
В 1992 г. Чермен Бейбулатович возвращается в Новосибирск и продолжает исследования в должности главного научного сотрудника лаборатории корреляции геологических процессов, а в последние годы в должности заведующего отделом Института геологии СО РАН.
Большое внимание Ч.Б. Борукаев уделял научно-организационной работе. Он являлся заместителем председателя научного совета по проблеме «Тектоника Сибири и Дальнего Востока», председателем секции научного совета по проблемам геологии докембрия Сибири и Дальнего Востока, членом редколлегии журналов «Тектоника», «Геология и геофизика», «Тихоокеанская геология», членом бюро межведомственного тектонического комитета. В 1973-1974 г.г. он был советником директора Института геологии и палеонтологии Кубы.
К числу его важнейших научных трудов относятся:
- Справочник по тектонической терминологии (коллективная работа) // М.: Недра, 1969.
- Карта тектоники докембрия континентов (коллективная работа) // М.: ГУГК, 1972, 12 листов.
- Структура докембрия и тектоника плит // Новосибирск: Наука, 1985.
- Тектоника литосферных плит в архее // Новосибирск: Наука, 1996.